Laboratoryjne testy genetyczne Genomtec wykrywają wszystkie warianty SARS-CoV-2

Testy genetyczne Genomtec SARS-CoV-2 Duo Kit (nr kat. GA00B) oraz Direct-RT-LAMP (nr kat. GA00C) wykrywają wszystkie obecnie sklasyfikowane warianty wirusa SARS-CoV-2, w tym Omicron

Genomtec SA jest spółką zajmująca się technologią medyczną, która specjalizuje się w izotermicznej metodzie diagnostyki klinicznej, zarówno w opiece bliskiej pacjentowi (POCT), jak i w szybkich testach genetycznych. Genomtec przeprowadził analizę bioinformatyczną (in-silico) oraz tzw. “analizę laboratorium mokrego” dla zestawów diagnostycznych Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo Kit (RT-LAMP Duo) oraz Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit (Direct).

W pełni potwierdzono efektywność zestawów RT-LAMP Duo oraz Direct w rozpoznawaniu dotychczas zidentyfikowanych wariantów SARS-CoV-2, w tym bretońskiego, który posiada zdolność braku identyfikacji w analizie testem RT-PCR z próbek z wymazów oraz nowoodkrytego wariantu Omicron. Zdolność rozpoznania wielu wariantów SARS-CoV-2 przez zestawy RT-LAMP Duo oraz Direct produkowane przez Genomtec jest ważna w dbaniu o zdrowie publiczne, kiedy efektywne testowanie posiadające zdolność wykrycia szczególnie groźnych szczepów wirusa SARS-CoV-2 jest bezwzględnie ważne dla podtrzymania wysiłków w walce z pandemią.

Metodologia:

Analiza in-silico została przeprowadzona poprzez analizę sekwencji referencyjnej NCBI SARS-CoV-2 (NC_045512.2) wraz z wymienionymi poniżej sekwencjami pełnych genomów poszczególnych szczepów zdeponowanych w bazie danych GISAID EpiCoV:

Dopasowanie sekwencji przeprowadzono z wykorzystaniem oprogramowania Clustal Omega (EMBL-EBI), który wykorzystuje technikę drzew filogenetycznych przy zastosowaniu progresywnego algorytmu dla modelu Hidden Markov (HMM), w celach generowania dopasowań między trzema lub więcej sekwencjami genomowymi. Dalszą wizualizację dopasowania wykonano przy użyciu oprogramowania MView (EMBL-EBI).

Do dalszej analizy laboratoryjnej wykorzystano charakterystyczne sekwencje dla fragmentów genomu różniące się od sekwencji odniesienia, uwzględniając tym samym podobieństwa w mutacjach w genach S i N występujące w nowych wariantach wirusa. W tym celu zsyntetyzowano specyficzne fragmenty genów S i N w formie cDNA, a następnie rozcieńczono je do 1000 kopii / µl, po czym wykorzystano jako matrycę podczas przygotowywania reakcji z zestawami starterów wykorzystywanych w zestawach RT-LAMP Duo oraz Direct.

Podjęta weryfikacja potwierdza, że zestawy Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo oraz Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit wykrywają wszystkie wyżej wymienione warianty SARS-CoV-2.

Genomtec ciągle monitoruje, w jaki sposób nowo zidentyfikowane warianty SARS-CoV-2 mogą wpływać na wydajność testu, wykorzystując zarówno analizę bioinformatyczną, jak i laboratoryjną, tak aby zapewnić klientom najwyższą czułość zestawów diagnostycznych Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT- LAMP CE-IVD Duo Kit oraz Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit wśród szczególnie groźnych szczepów SARS-CoV-2.

Źródło: materiały prasowe