Potwierdzono skuteczność testu genetycznego Genomtec SARS-CoV-2 Duo Kit - dlaszpitali.pl

Potwierdzono skuteczność testu genetycznego Genomtec SARS-CoV-2 Duo Kit

opm-dlaszpitali-potwierdzono-skutecznosc-Genomtec-SARS-CoV-2-Duo-Kit
fot. materiały prasowe

Analiza bioinformatyczna (in-silico) oraz tzw. „analiza laboratorium mokrego” dla zestawu diagnostycznego Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo Kit (RT-LAMP Duo Kit) w pełni potwierdziła efektywność zestawu RT-LAMP Duo w rozpoznawaniu dotychczas zidentyfikowanych wariantów SARS-CoV-2, w tym bretońskiego, który posiada zdolność braku identyfikacji w analizie testem RT-PCR z próbek z wymazów.

Rozpoznanie wariantu bretońskiego przez zestaw RT-LAMP Duo Kit jest ważne w zadbaniu o zdrowie publiczne, gdzie efektywne testowanie posiadające zdolność wykrycia wszystkich szczepów wirusa SARS-CoV-2 jest bezwzględnie ważne dla podtrzymania wysiłków w walce z pandemią. Ponadto test wykrywa nowo zidentyfikowane warianty określane jako nigeryjski, filipiński, kalifornijski i indyjski.

Metodologia:

Analiza in-silico została przeprowadzona poprzez analizę sekwencji referencyjnej NCBI SARS-CoV-2 (NC_045512.2) wraz z wymienionymi poniżej sekwencjami pełnych genomów poszczególnych szczepów zdeponowanych w bazie danych GISAID EpiCoV:

Accession numberVariant lineage
EPI_ISL_723044B.1.1.7
EPI_ISL_1259297Breton (hCoV-19/France/BRE-IPP04233/2021)
EPI_ISL_792680P1
EPI_ISL_825139B. 1.351
EPI_ISL_1563854B.1.525
EPI_ISL_1122452P.3 (version: 2021-04-01)
EPI_ISL_1592298B.1.427 (version: 2021-04-14)
EPI_ISL_1608737B.1.429
EPI_ISL_1415353B.1.617

Dopasowanie sekwencji przeprowadzono z wykorzystaniem oprogramowania Clustal Omega (EMBL-EBI), który wykorzystuje technikę drzew filogenetycznych przy zastosowaniu progresywnego algorytmu dla modelu Hidden Markov (HMM), w celach generowania dopasowań między trzema lub więcej sekwencjami genomowymi. Dalszą wizualizację dopasowania wykonano przy użyciu oprogramowania MView (EMBL-EBI).

Do dalszej analizy laboratoryjnej wykorzystano charakterystyczne sekwencje dla fragmentów genomu różniące się od sekwencji odniesienia, uwzględniając tym samym podobieństwa w mutacjach w genach S i N występujące w nowych wariantach wirusa. W tym celu zsyntetyzowano specyficzne fragmenty genów S i N w formie cDNA, a następnie rozcieńczono je do 1000 kopii / µl, po czym wykorzystano jako matrycę podczas przygotowywania reakcji z zestawem Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo zgodnie z instrukcjami producenta.

Poczynione kroki potwierdzają, że zestaw Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo wykrywa wszystkie wyżej wymienione warianty SARS-CoV-2.

Źródło: materiały prasowe

Czytaj też: Test genetyczny wykrywający gronkowca złocistego (MRSA)

Komentarze

Sklep

OPM – Ogólnopolski Przegląd Medyczny nr 6/2021

OPM – Ogólnopolski Przegląd Medyczny nr 6/2021

32,00 zł

zawiera 8% VAT, bez kosztów dostawy

Kup teraz
Blok operacyjny XXI wieku – organizacja i funkcjonowanie

Blok operacyjny XXI wieku – organizacja i funkcjonowanie

126,00 zł

zawiera 5% VAT, bez kosztów dostawy

Kup teraz
Oddział anestezjologii i intensywnej terapii XXI wieku – organizacja i funkcjonowanie

Oddział anestezjologii i intensywnej terapii XXI wieku – organizacja i funkcjonowanie

126,00 zł

zawiera 5% VAT, bez kosztów dostawy

Kup teraz
OPM KATALOG ROCZNY 2021 – Poradnik Inżyniera Klinicznego

OPM KATALOG ROCZNY 2021 – Poradnik Inżyniera Klinicznego

32,00 zł

zawiera 8% VAT, bez kosztów dostawy

Kup teraz

Nasze strony wykorzystują pliki cookies. Korzystanie z naszych stron internetowych bez zmiany ustawień przeglądarki dotyczących plików cookies oznacza, że zgadzacie się Państwo na umieszczenie ich w Państwa urządzeniu końcowym. Więcej szczegółów w Polityce prywatności.