Potwierdzono skuteczność testu genetycznego Genomtec SARS-CoV-2 Duo Kit

Data publikacji: 23.04.2021 r.

opm-dlaszpitali-potwierdzono-skutecznosc-Genomtec-SARS-CoV-2-Duo-Kit — fot. materiały prasowe

Analiza bioinformatyczna (in-silico) oraz tzw. „analiza laboratorium mokrego” dla zestawu diagnostycznego Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo Kit (RT-LAMP Duo Kit) w pełni potwierdziła efektywność zestawu RT-LAMP Duo w rozpoznawaniu dotychczas zidentyfikowanych wariantów SARS-CoV-2, w tym bretońskiego, który posiada zdolność braku identyfikacji w analizie testem RT-PCR z próbek z wymazów.

Rozpoznanie wariantu bretońskiego przez zestaw RT-LAMP Duo Kit jest ważne w zadbaniu o zdrowie publiczne, gdzie efektywne testowanie posiadające zdolność wykrycia wszystkich szczepów wirusa SARS-CoV-2 jest bezwzględnie ważne dla podtrzymania wysiłków w walce z pandemią. Ponadto test wykrywa nowo zidentyfikowane warianty określane jako nigeryjski, filipiński, kalifornijski i indyjski.

Metodologia:

Analiza in-silico została przeprowadzona poprzez analizę sekwencji referencyjnej NCBI SARS-CoV-2 (NC_045512.2) wraz z wymienionymi poniżej sekwencjami pełnych genomów poszczególnych szczepów zdeponowanych w bazie danych GISAID EpiCoV:

Accession number	Variant lineage
EPI_ISL_723044	B.1.1.7
EPI_ISL_1259297	Breton (hCoV-19/France/BRE-IPP04233/2021)
EPI_ISL_792680	P1
EPI_ISL_825139	B. 1.351
EPI_ISL_1563854	B.1.525
EPI_ISL_1122452	P.3 (version: 2021-04-01)
EPI_ISL_1592298	B.1.427 (version: 2021-04-14)
EPI_ISL_1608737	B.1.429
EPI_ISL_1415353	B.1.617

Dopasowanie sekwencji przeprowadzono z wykorzystaniem oprogramowania Clustal Omega (EMBL-EBI), który wykorzystuje technikę drzew filogenetycznych przy zastosowaniu progresywnego algorytmu dla modelu Hidden Markov (HMM), w celach generowania dopasowań między trzema lub więcej sekwencjami genomowymi. Dalszą wizualizację dopasowania wykonano przy użyciu oprogramowania MView (EMBL-EBI).

Do dalszej analizy laboratoryjnej wykorzystano charakterystyczne sekwencje dla fragmentów genomu różniące się od sekwencji odniesienia, uwzględniając tym samym podobieństwa w mutacjach w genach S i N występujące w nowych wariantach wirusa. W tym celu zsyntetyzowano specyficzne fragmenty genów S i N w formie cDNA, a następnie rozcieńczono je do 1000 kopii / µl, po czym wykorzystano jako matrycę podczas przygotowywania reakcji z zestawem Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo zgodnie z instrukcjami producenta.

Poczynione kroki potwierdzają, że zestaw Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo wykrywa wszystkie wyżej wymienione warianty SARS-CoV-2.

Źródło: materiały prasowe

Czytaj też: Test genetyczny wykrywający gronkowca złocistego (MRSA)