Projekt utworzenia Polskiej Sieci Biobanków - dlaszpitali.pl

Projekt utworzenia Polskiej Sieci Biobanków – aktualizacja postepu prac oraz zakres produktów oferowanych do wdrożenia w polskich biobankach ludzkiego materiału biologicznego

LAM_4_19_badania_i_wyniki_PROJEKT_UTWORZENIA_POLSKIEJ_SIECI_BIOBANKOW_iStock-1093038386
Fot. iStock

Polska Sieć Biobanków BBMRI.pl jest odpowiednikiem narodowych organizacji biobankujących ludzki materiał biologiczny do celów naukowych, które funkcjonują już w 19 krajach europejskich, zrzeszonych w organizację o nazwie Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure. Stanowi ona jedną z kluczowych i największych europejskich infrastruktur badawczych w biomedycynie na naszym kontynencie.

Konsorcjum BBMRI.pl jest organizacją składającą się z siedmiu instytucji naukowych i akademickich w Polsce, które od początku 2017 r. rozwijają infrastrukturę badawczą i zręby organizacyjne w celu utworzenia Polskiej Sieci Biobanków (PSB). BBMRI.pl jest odpowiednikiem narodowych organizacji biobankujących ludzki materiał biologiczny do celów naukowych, które już funkcjonują w 19 krajach europejskich, zrzeszonych w organizację o nazwie Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure (BBMRI.eu; http://www.BBMRI-ERIC/) − stanowiącą jedną z kluczowych i największych europejskich infrastruktur badawczych w biomedycynie na naszym kontynencie (European Research Infrastructure; ERIC). Na obecnym etapie za realizację ogólnopolskiego projektu utworzenia PSB odpowiadają: Warszawski Uniwersytet Medyczny, Gdański Uniwersytet Medyczny, Uniwersytet Łódzki, Uniwersytet Medyczny im. Piastów Śląskich we Wrocławiu, Regionalne Centrum Naukowo-Technologiczne, Uniwersytet Medyczny w Lublinie oraz Sieć Badawcza Łukasiewicz – Polski Ośrodek Rozwoju Technologii [PORT] we Wrocławiu, który koordynuje pracami BBMRI.pl jako Krajowy Ośrodek Wiodący [1].

Podjęcie prac przez Konsorcjum BBMRI.pl na rzecz PSB stało się możliwe dzięki otrzymaniu dofinansowania przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego (MNiSW; projekt nr DIR/WK/2017/2018/01-1). Uzyskanie tej decyzji było poprzedzone kilkuletnimi wysiłkami organizacyjnymi oraz koncepcyjnymi Członków Konsorcjum BBMRI.pl i MNiSW, a także procesem akcesyjnym w celu przyłączenia BBMRI.pl do BBMRI-ERIC i uzyskania (we wrześniu 2016 r.) statusu członka tej organizacji. Założenia działalności PSB to: utworzenie sieci współpracy naukowej, podniesienie kompetencji polskich placówek biobankujących, wdrożenie wspólnych narzędzi z zakresu technologii informatycznych i komunikacyjnych (Information and Communication Technology, ICT) oraz systemu zarządzania jakością wraz z ustanowieniem programu kontroli jakości dla biobanków, a także utworzenie Krajowego Ośrodka Wiodącego ds. Biobankowania. Opisane zadania są wykonywane w porozumieniu z pracami europejskiej sieci Biobanków BBMRI-ERIC, tak aby rozwiązania wypracowane lokalnie w Polsce były jak najbardziej spójne z tym, co wypracowano w Europie. Celem niniejszego artykułu jest przedstawienie kluczowych rozwiązań, jakie zostały wypracowane w ramach projektu, które mogą być udostępniane członkom wspomnianej sieci.

Należy najpierw wyjaśnić, że aby móc korzystać z rozwiązań wypracowanych przez jednostki uczestniczące w projekcie, warto stać się członkiem PSB BBMRI.pl. Co należy zrobić, aby stać się beneficjentem rozwiązań PSB? W tym celu jednostka biobankująca materiał biologiczny powinna skontaktować się z Członkiem BBMRI.pl prowadzącym rejestr instytucji biobankujących w Polsce − Laboratorium Badawcze − Bank Komórek Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego. Do PSB może dołączyć każda jednostka zajmująca się kolekcjonowaniem, przechowywaniem czy testowaniem materiału biologicznego, i to niezależnie od wielkości zbiorów czy stopnia rozwoju biorepozytorium/biobanku. Pierwszym etapem nawiązania współpracy będzie sprawdzenie, na jakim etapie rozwoju znajduje się placówka biobankująca i w jaki sposób można jej pomóc, aby wdrożyć dwa główne systemy usprawniające jej działalność: System Zapewniania i Zarządzania Jakością (SZiZJ) oraz system ICT służący do zarządzania biobankiem, kolekcjonowania i zarządzania danymi oraz ich udostępniania do przyszłych projektów naukowych. Do tej pory 26 jednostek przystąpiło do projektu w charakterze pełnoprawnego członka (mogą bezpłatnie korzystać z rozwiązań wypracowanych przez Polską Sieć Biobanków), a 16 kolejnych biobanków przystąpiło w charakterze obserwatora (mogą bezpłatnie śledzić prace w ramach BBMRI.pl) [2]. Po etapie audytów z zakresu SZiZJ, jak i audytu ICT następuje ułożenie indywidualnych planów pracy z poszczególnymi biobankami. Jest to etap, w którym placówki biobankujące mogą rozpocząć korzystanie z kilku elementów wypracowanych przez BBMRI.pl.

Dostęp do SZiZJ w biobankowaniu

Na obecnym etapie BBMRI.pl może udostępnić członkom i obserwatorom PSB po pierwszym audycie opracowane już Standardy Jakości dla Biobanków Polskich, a więc zbiór: zasad, procedur, metod, narzędzi, opisów stanowisk pracy, ludzi oraz relacji pomiędzy nimi, których zadaniem jest osiągnięcie wyznaczonych celów jakości w placówkach biorepozytoryjnych/biobankach. Dodatkowo, nowi członkowie PSB mogą zostać zaopatrzeni w podstawowe dokumenty systemowe z zakresu obszarów kluczowych dla funkcjonowania biorepozytorium/biobanku.

Dostęp do wspólnych rozwiązań systemowych ICT dla Polskiej Sieci Biobanków

Członkowie Konsorcjum BBMRI.pl związani z tworzeniem wspólnych rozwiązań z zakresu ICT prowadzą bardzo energiczne prace nad rozwiązaniami dotyczącymi systemów ICT, które mogą być używane zarówno do zarządzania poszczególnymi biorepozytoriami/biobankami, a także do wymiany i przetwarzania sprawnie oraz bezpiecznie danych w PSB, we współpracy z BBMRI-ERIC i rozmaitymi ośrodkami naukowymi w Polsce i za granicą. Potencjalni członkowie PSB po dokonaniu wspomnianego powyżej audytu z zakresu SZiZJ, mogą skorzystać również z bezpłatnego audytu z zakresu ICT bezpieczeństwa informacji. Co więcej, Członkowie BBMR.pl (pracownicy Pracowni Biobanku Katedry Biofizyki Molekularnej Uniwersytetu Łódzkiego; https://biobank.plgrid.pl/en/biobanks/2) udzielają wsparcia na miejscu bądź poprzez serwis telefoniczny we wdrożeniu systemu ICT zarządzania biobankiem (Biobank Information Management System; BIMS) zgodnego z systemami ICT typu LIMS (Laboratory Information Management System), które umożliwiają realizację zautomatyzowanych procesów obsługi biobanku i badań laboratoryjnych. Ponadto Członkowie BBMRI.pl wspierają również w ekspertyzie dotyczącej konieczności migracji danych pomiędzy ośrodkami współpracującymi naukowo posługującymi się odmiennymi systemami ICT kodowania i przechowywania danych.

Niezwykle cennym osiągnięciem w zakresie ICT dla biobankowania z punktu widzenia funkcjonowania całej PSB BBMRI.pl, a także dla rozwoju współpracy z BBMRI-ERIC i innymi ośrodkami naukowymi, jest realizacja (przez pracowników biobanku Zakładu Medycznej Diagnostyki Laboratoryjnej w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym; https://biobank.gumed.edu.pl/en/o-nas/) zadania ICT związanego z koncepcją tworzenia Platformy Centralnej ICT BBMRI.pl, która składa się z kilku funkcjonalnych modułów:

  • Centralny Rejestr Danych Probantów Biobanków (CRDPB). Moduł ten pozwala na przechowywanie danych o: biobankach, kolekcjach, próbkach probantów (dawców materiału biologicznego) i wynikach badań. Nowi członkowie PSB mogą skorzystać z tego rodzaju serwera centralnego PSB, który umożliwia bezpieczne przechowywanie danych i jednocześnie daje możliwość eksponowania swoich zasobów kolekcji materiału oraz wyników badań innym grupom naukowym w BBMRI.pl i BBMRI-ERIC. Moduł CRDPB jest również dedykowany do tworzenia rejestrów o specyficznych własnościach, jak np. rejestry chorób rzadkich. Dzięki temu modułowi rozpoczęto w obrębie BBMRI.pl m.in. badania nad rzadką chorobą związaną z mutacją genetyczną prowadzącą do niedoboru dehydrogenazy 3-hydroksyacylo-koenzymu A długołańcuchowych kwasów tłuszczowych (niedobór LCHAD, ang. long-chain 3-hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase deficiency, LCHAD deficiency), która względnie częściej występuje w populacji kaszubskiej [3].
  • Moduł współpracy z BBMRI-ERIC ICT common service. Jest to rozwiązanie technologiczne, które pozwała na komunikowanie i przekazywanie informacji o zasobach rejestrowanych we wspólnym serwisie BBMRI-ERIC oraz PSB w celu ułatwienia prowadzenia wieloośrodkowych projektów badawczych.
  • Moduł Pseudo-/anonimizacji. To z kolei moduł, który wg przyjętych standardów obowiązujących w BBMRI-ERIC − zgodnych z najlepszą praktyką ICT w zakresie przetwarzania danych osobowych – pozwala sprawnie i bezpiecznie rozłączyć dane identyfikujące probanta (dawcy) od jego danych biometrycznych i klinicznych.
  • Platforma Cyfryzacji Danych Obrazowych (PCDO). W skład tej części platformy centralnej ICT dla PSB wchodzą rozwiązania dedykowane akwizycji, przetwarzaniu i przesyłaniu rozmaitych danych obrazowych, które występują w badaniach translacyjnych: obrazowaniu uzyskiwanym rozmaitymi technikami w badaniach mikroskopowych komórek i tkanek, w badaniach obrazowych prowadzonych na zwierzętach doświadczalnych i u ludzi, a także w badaniach omicznych (genetycznych, proteomicznych i metabolicznych). Szczególnym osiągnięciem dotyczącym wykorzystania obrazów mikroskopowych jest możliwość udostępniania funkcji mikroskopu wirtualnego poprzez instalację u użytkownika specjalnego oprogramowania symulującego pracę mikroskopu optycznego i analizy zdigitalizowanych obrazów mikroskopowych (np. w histopatologii) na odległość. Uzupełnieniem PCDO w zakresie IT jest jednocześnie utworzenie Platformy Cyfryzacji Badań Obrazowych w zakresie laboratoryjnym − kompleksu wysokospecjalistycznych laboratoriów wraz z zespołem naukowców do prowadzenia badań obrazowych in vitro i in vivo komórek, tkanek, narządów u zwierząt i ludzi. W ten sposób udało się rozwinąć Centrum Eksperckie dotyczące prowadzenia badań obrazowych w rozmaitych modelach badawczych translacyjnych, które mogą być wykonywane na potrzeby badań wieloośrodkowych zarówno w PSB, jak i BBMRI-ERIC oraz innych współpracujących zespołach naukowych. Funkcjonowanie Centrum Eksperckiego PCDO w zakresie zarówno IT, jak i laboratoryjnym już przyniosło wymierne osiągnięcia w postaci opracowywania nowatorskich markerów obrazowania dla badań in vitro histochemicznych, które mogą być wykorzystywane również do obrazowania czynności komórek i narządów in vivo w badaniach hybrydowych PET/SPECT/CT. Dzięki temu możliwe technologicznie staje się obrazowanie nieinwazyjne, przyżyciowe angiogenezy i zmian związanych z rozwojem powikłań cukrzycy [4-6]. Jest to przykład urzeczywistniania w praktyce badawczej nowatorskich rozwiązań służących medycynie personalizowanej i celowanej.
  • Biobanking ICT serwis. Ten moduł na centralnej platformie ICT dla PSB został zaplanowany z zamysłem umożliwienia i ułatwienia prowadzenia rejestrów danych o lokalnych kolekcjach, próbkach probantów i wynikach badań w ośrodkach biorepozytoryjnych nieposiadających rozwiniętego systemu ICT do zajmowania się biobankowaniem. Jest to rodzaj serwisu ICT dla konkretnego biorepozytorium/biobanku utrzymywanego w „chmurze” (cloud computing service) na platformie ICT centralnej PSB.

Czytaj także: Biobankowanie to przyszłość medycyny

Komentarze

Sklep

OPM – Ogólnopolski Przegląd Medyczny nr 6/2021

OPM – Ogólnopolski Przegląd Medyczny nr 6/2021

32,00 zł

zawiera 8% VAT, bez kosztów dostawy

Kup teraz
Blok operacyjny XXI wieku – organizacja i funkcjonowanie

Blok operacyjny XXI wieku – organizacja i funkcjonowanie

126,00 zł

zawiera 5% VAT, bez kosztów dostawy

Kup teraz
Oddział anestezjologii i intensywnej terapii XXI wieku – organizacja i funkcjonowanie

Oddział anestezjologii i intensywnej terapii XXI wieku – organizacja i funkcjonowanie

126,00 zł

zawiera 5% VAT, bez kosztów dostawy

Kup teraz
OPM KATALOG ROCZNY 2022 – Poradnik Inżyniera Klinicznego

OPM KATALOG ROCZNY 2022 – Poradnik Inżyniera Klinicznego

32,00 zł

zawiera 8% VAT, bez kosztów dostawy

Kup teraz

Nasze strony wykorzystują pliki cookies. Korzystanie z naszych stron internetowych bez zmiany ustawień przeglądarki dotyczących plików cookies oznacza, że zgadzacie się Państwo na umieszczenie ich w Państwa urządzeniu końcowym. Więcej szczegółów w Polityce prywatności.