Trendy w diagnostyce sepsy oraz ewaluacja istniejących testów diagnostycznych
Polimerazowa reakcja łańcuchowa (PCR)
PCR amplifikuje regiony docelowe w genomie bakterii. Powstałe amplikony mogą być poddawane dalszym obróbkom takim jak sekwencjonowanie czy hybrydyzacja z sondą na platformie mikromacierzy DNA.
Broad-range PCR to strategia amplifikacji PCR ukierunkowana na zakonserwowane ewolucyjnie regiony DNA operonu rybosomalnego rrn. Są to geny, które kodują podjednostki 16S i 23S rRNA dla bakterii (tzw. pan-bacteria test) czy 18S, 5.8S i 28S rRNA dla grzybów (tzw. pan-fungi test). Dla grzybów wykorzystuje się również polimorficzne regiony ITS1/ITS2 zlokalizowane pomiędzy genami (ang. internal transcribed spacer, ITS). W technice PCR do wykrywania obecności lub braku DNA bakterii lub grzybów stosujemy startery uniwersalne, zaprojektowane do zakonserwowanej ewolucyjnie amplifikowanej sekwencji DNA. Dlatego testy pan-bacteria czy pan-fungi pozwalają na wykrycie danej grupy patogenów bez dalszej ich identyfikacji do poziomu gatunku (3). W sytuacji, gdy powstałe amplikony poddamy sekwencjonowaniu lub hybrydyzacji ze specyficzną sondą, możemy przypisać je do gatunku (9). Opisano test PCR pan-fungi oparty na sekwencjach rRNA dla dwóch głównych organizmów grzybowych (Candida i Aspergillus) połączony z hybrydyzacją do specyficznej sondy (10).
Ryc. 3. Problemy związane z grupą technik opartych o amplifikacje kwasów nukleinowych (technologie NAAT)
Dostęp ograniczony.
Pełen dostęp do artykułu tylko dla zalogowanych użytkowników z wykupioną subskrypcją.
Dlaczego warto wykupić subskrypcję?
Otrzymasz dostęp do:- wszystkich merytorycznych publikacji z zakresu nowoczesnych technologii medycznych i zarządzania jednostkami ochrony zdrowia,
- materiałów wideo z wystąpieniami cenionych ekspertów z branży,
- wywiadów z uznanymi praktykami i ekspertami,
- materiałów szkoleniowych z konferencji organizowanych przez "OPM" i dlaSzpitali.pl,
- wydań aktualnych i archiwalnych numerów "OPM" w wersji online