Trendy w diagnostyce sepsy oraz ewaluacja istniejących testów diagnostycznych

Polimerazowa reakcja łańcuchowa (PCR)

PCR amplifikuje regiony docelowe w genomie bakterii. Powstałe amplikony mogą być poddawane dalszym obróbkom takim jak sekwencjonowanie czy hybrydyzacja z sondą na platformie mikromacierzy DNA.

Broad-range PCR to strategia amplifikacji PCR ukierunkowana na zakonserwowane ewolucyjnie regiony DNA operonu rybosomalnego rrn. Są to geny, które kodują podjednostki 16S i 23S rRNA dla bakterii (tzw. pan-bacteria test) czy 18S, 5.8S i 28S rRNA dla grzybów (tzw. pan-fungi test). Dla grzybów wykorzystuje się również polimorficzne regiony ITS1/ITS2 zlokalizowane pomiędzy genami (ang. internal transcribed spacer, ITS). W technice PCR do wykrywania obecności lub braku DNA bakterii lub grzybów stosujemy startery uniwersalne, zaprojektowane do zakonserwowanej ewolucyjnie amplifikowanej sekwencji DNA. Dlatego testy pan-bacteria czy pan-fungi pozwalają na wykrycie danej grupy patogenów bez dalszej ich identyfikacji do poziomu gatunku (3). W sytuacji, gdy powstałe amplikony poddamy sekwencjonowaniu lub hybrydyzacji ze specyficzną sondą, możemy przypisać je do gatunku (9). Opisano test PCR pan-fungi oparty na sekwencjach rRNA dla dwóch głównych organizmów grzybowych (Candida i Aspergillus) połączony z hybrydyzacją do specyficznej sondy (10).

Większość testów broad-range PCR jest wykonywana na osoczu krwi, a nie na pełnej krwi. Należy pamiętać, że komórki bakteryjne mogą być pochłonięte przez fagocyty, co skutkuje wynikiem fałszywie negatywnym.

[...]

Ten materiał dostępny jest dla subskrybentów Premium.

Wybierz pakiet subskrypcji dla siebie i ciesz się dostępem do bazy merytorycznej wiedzy!

Wybierz subskrypcję

Masz aktywną subskrypcję?

Zaloguj się

Nie masz jeszcze konta w serwisie? Dołącz do nas